Engagé très tôt dans les armées protestantes, il ne renia jamais cette cause, même après la conversion d’Henri IV en 1593.  

Ses premiers écrits furent, vers 1571, des poésies amoureuses qui ne furent publiées qu’au 19e siècle. En 1577, il se lança dans l’écriture des Tragiques, vaste poème resté comme son chef d’œuvre ; cet ouvrage ne fut achevé et publié que 40 ans plus tard. Aubigné est aussi l’auteur d’une Histoire universelle, de cocasses Aventures du Baron de Foeneste, et de mémoires posthumes : Sa vie à ses enfants.